通行费发票的计算茹下进行操作：

1、取得增值税电子普通发票的，为发票上注明的税额，

2、取得注明旅客身份信息的航空运输电子客票行程单的，为按照下列公式计算进项税额，

航空旅客运输进项税额=（票价+燃油附加费）÷（1+9%）×9%，

3、取得注明旅客身份信息的铁路车票的，为按照下列公式计算的进项税额，

铁路旅客运输进项税额=票面金额÷（1+9%）×9%，

4、取得注明旅客身份信息的公路、水路等其他客票的，按照下列公式计算进项税额，

公路、水路等其他旅客运输进项税额=票面金额÷（1+3%）×3%，

补充：通行费发票如何进行审报填写：

取得增值税专用发票，在申报采集后自动提取到《增值税纳税申报表附列资料（二）》“（一）认证相符的增值税专用发票”对应栏次中；

2、取得增值税电子普通发票或注明旅客身份信息的航空、铁路等票据，在申报时填写在《增值税纳税申报表附列资料（二）》第8b栏“其他”中；

3、将上述本期购进旅客运输服务的合计（包含专票等允许抵扣的票据），填写在第10栏“本期用于抵扣的旅客运输服务扣税凭证”中，本栏不参与税款计算。