个人因公务用车制度改革而取得的公务用车补贴收人，扣除一定标准的公务费用后，按照“工资、薪金”所得项目计算和代扣代缴个人所得税。

例如在山西，对已经进行公务用车制度改革的各级党政机关（包括党委、人大、政府、政协、审判、检察机关）等有关人员，按照规定取得的公务交通补贴征收个人所得税时，可扣除的标准依据《山西省公务用车制度改革总体方案》确定的公务交通补贴实际发放标准执行；超过标准对策，并入工资薪金全额计征个人所得税。厅（局）级每人每月1625元；处级每人每月1000元；科级及以下每人每月625元。

其他事业单位和企业开展公务用车制度改革之后，对其单位高层、中层以及其他管理人员按照规定取得的公务交通补贴征收个人所得税时，扣除标准可参照上述标准执行。