确认存货毁损，报废损失应当由主张造成损失的一方出具相关证据材料。

1、企业发生属于由企业自行计算扣除的资产损失，应按照企业内部管理控制的要求，做好资产损失的确认工作，并保留好有关资产会计核算资料和原始凭证及内部审批证明等证据，以备税务机关日常检查。

《国家税务总局关于印发<企业资产损失税前扣除管理办法>的通知》（国税发[2009]88号）规定，存货正常损耗企业可自行计算扣除，但也需按照企业内部管理控制的要求，做好资产损失的确认工作，并保留好有关资产会计核算资料和原始凭证及内部审批证明等证据，以备税务机关日常检查。存货报废、盘亏不属于企业可以自行计算扣除的损失，应报经税务机关审批后才能在税前扣除。对流程及资料的提交应按该文件的如下规定处理：

《国家税务总局关于印发<企业资产损失税前扣除管理办法>的通知》第五条规定，企业实际发生的资产损失按税务管理方式可分为自行计算扣除的资产损失和须经税务机关审批后才能扣除的资产损失。

下列资产损失，属于由企业自行计算扣除的资产损失：

（1）企业在正常经营管理活动中因销售、转让、变卖固定资产、生产性生物资产、存货发生的资产损失；

（2）企业各项存货发生的正常损耗；

（3）企业固定资产达到或超过使用年限而正常报废清理的损失；

（4）企业生产性生物资产达到或超过使用年限而正常死亡发生的资产损失；

（5）企业按照有关规定通过证券交易场所、银行间市场买卖债券、股票、基金以及金融衍生产品等发生的损失；

（6）其他经国家税务总局确认不需经税务机关审批的其他资产损失。

2、上述以外的资产损失，属于需经税务机关审批后才能扣除的资产损失。

第十条规定，企业发生属于由企业自行计算扣除的资产损失，应按照企业内部管理控制的要求，做好资产损失的确认工作，并保留好有关资产会计核算资料和原始凭证及内部审批证明等证据，以备税务机关日常检查。

企业按规定向税务机关报送资产损失税前扣除申请时，均应提供能够证明资产损失确属已实际发生的合法证据，包括：具有法律效力的外部证据和特定事项的企业内部证据。

《国家税务总局关于印发<企业资产损失税前扣除管理办法>的通知》第十一条规定，具有法律效力的外部证据，是指司法机关、行政机关、专业技术鉴定部门等依法出具的与本企业资产损失相关的具有法律效力的书面文件，主要包括：

（1）司法机关的判决或者裁定；

（2）公安机关的立案结案证明、回复；

（3）工商部门出具的注销、吊销及停业证明；

（4）企业的破产清算公告或清偿文件；

（5）行政机关的公文；

（6）国家及授权专业技术鉴定部门的鉴定报告；

（7）具有法定资质的中介机构的经济鉴定证明；

（8）经济仲裁机构的仲裁文书；

（9）保险公司对投保资产出具的出险调查单、理赔计算单等；

（10）符合法律条件的其他证据。

3、《国家税务总局关于印发<企业资产损失税前扣除管理办法>的通知》第十二条规定，特定事项的企业内部证据，是指会计核算制度健全，内部控制制度完善的企业，对各项资产发生毁损、报废、盘亏、死亡、变质等内部证明或承担责任的声明，主要包括：

（1）有关会计核算资料和原始凭证；

（2）资产盘点表；

（3）相关经济行为的业务合同；

（4）企业内部技术鉴定部门的鉴定文件或资料（数额较大、影响较大的资产损失项目，应聘请行业内的专家参加鉴定和论证）；

（5）企业内部核批文件及有关情况说明；

（6）对责任人由于经营管理责任造成损失的责任认定及赔偿情况说明；

（7）法定代表人、企业负责人和企业财务负责人对特定事项真实性承担法律责任的声明。

4、《国家税务总局关于印发<企业资产损失税前扣除管理办法>的通知》第二十条规定，存货盘亏损失，其盘亏金额扣除责任人赔偿后的余额部分，依据下列证据认定损失：

（1）存货盘点表；

（2）存货保管人对于盘亏的情况说明；

（3）盘亏存货的价值确定依据（包括相关入库手续、相同相近存货采购发票价格或其他确定依据）；

（4）企业内部有关责任认定、责任人赔偿说明和内部核批文件。

5、《国家税务总局关于印发<企业资产损失税前扣除管理办法>的通知》第二十一条规定，存货报废、毁损和变质损失，其账面价值扣除残值及保险赔偿或责任赔偿后的余额部分，依据下列相关证据认定损失：

（1）单项或批量金额较小（占企业同类存货10%以下、或减少当年应纳税所得、增加亏损10%以下、或10万元以下。下同）的存货，由企业内部有关技术部门出具技术鉴定证明；

（2）单项或批量金额超过上述规定标准的较大存货，应取得专业技术鉴定部门的鉴定报告或者具有法定资质中介机构出具的经济鉴定证明；

（3）涉及保险索赔的，应当有保险公司理赔情况说明；

（4）企业内部关于存货报废、毁损、变质情况说明及审批文件；

（5）残值情况说明；

6、《 国家税务总局关于发布企业资产损失所得税税前扣除管理办法的公告》（国家税务总局公告2011年第25号）第二十七条规定：“存货报废、毁损或变质损失，为其计税成本扣除残值及责任人赔偿后的余额，应依据以下证据材料确认：

（1）存货计税成本的确定依据；

（2）企业内部关于存货报废、毁损、变质、残值情况说明及核销资料；

（3）涉及责任人赔偿的，应当有赔偿情况说明；

（4）该项损失数额较大的（指占企业该类资产计税成本10%以上，或减少当年应纳税所得、增加亏损10%以上，下同），应有专业技术鉴定意见或法定资质中介机构出具的专项报告等。”

因此，确认存货毁损、报废损失，应报送上述证据材料。