1、增值税一般纳税人企业无实际收入，但存在进项税额，企业申请税务零申报，那么企业未抵扣的进项税逾期将不能再进行抵扣；

2、企业经营亏损虽说可在盈利后可进行弥补，但若企业申请税务零申报，那么将无法进行弥补，从而会给企业造成税务影响；

3、企业当期有收入但无应纳税款而申请税务零申报，属于虚假纳税申报，需承担罚款及行政处罚等不利后果；

4、企业当期有收入及应纳税款，但申请税务零申报，属于偷税行为，主管税务机关将按规定追征税款，并进行税务行政处罚；

5、企业违规税务零申报将会降低企业信用级别，被列入风险纳税人重点监控等。