如果是管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失，需要把该盘亏存货的进项税额转出，除这三项外其他的情况不做进项税转出处理。

如果是由于管理不善造成的存货毁损，应该做进项税额转出，即：

管理不善造成的原材料毁损：

借：待处理财产损溢，

贷：原材料，

借：管理费用，

贷：待处理财产损溢，

应交税费-应交增值税（进项税额转出）。

由于自然灾害造成的原材料毁损，不需要进项税额转出，即

借：待处理财产损溢，

贷：原材料。

借：营业外支出，

贷：待处理财产损溢。