结算备付金是指证券公司为证券交易的清算交割而存入指定清算代理机构的款项。为分别反映公司为进行自营证券交易等业务的清算交割而存入指定清算代理机构的款项和公司代理客户进行证券交易等业务的清算交割而为客户存入指定清算代理机构的款项，“结算备付金”科目应设置“公司”和“客户”两个明细科目。

证券公司将款项存入清算代理机构，借记“结算备付金”科目，贷记“银行存款”科目；从清算代理机构收回资金，借记“银行存款”科目，贷记“结算备付金”科目。